2001年1月，北京大学与深圳市人民政府签署《合作创办北京大学深圳校区协议书》，共同创办北京大学深圳研究生院。北京大学深圳研究生院以“前沿领域、交叉学科、应用学术、国际标准”为办学方针，致力于培养具有“专业知识、综合素质、国际视野、社会责任”的人才、在国家发展、社会发展的大潮中能够“引领未来”的人。

十七年来，深研院扎根深圳、辐射华南，为华南地区经济发展输送了越来越多的人才：2015年，留深毕业生比例首次超过北京、上海达30%；2016年，深圳研究生院42%的毕业生选择留在华南地区工作，更是有32.75%的毕业生选择留深工作。2017年毕业生留深率创历史最高，为38.3%，远超北京的18.5%与上海的15%。